Igaühel on õigus oma andmete kasutamist Tervise Infosüsteemis piirata. Sulgeda saab kas kõik oma meditsiiniandmed või konkreetsed dokumendid. Kinnipandud andmed ei ole kättesaadavad isegi raviarstile. Andmete kasutamise piiramiseks tuleb teha vastav tõendatud allkirjaga avaldus Sotsiaalministeeriumile, edastada oma soov digiallkirjastatuna Patsiendiportaali kaudu või sulgeda oma andmed arstivisiidi käigus.

Oma andmete kasutamise piiramise soovi tasub väga hoolikalt kaaluda, sest raviarsti eest olemasolevate terviseandmete varjamine võib kahjustada patsienti ennast, kuna ravi toimub sel juhul ebatäieliku info alusel. Vastutus andmete kasutamise piiramise tagajärgede eest langeb sel juhul patsiendile. Loomulikult saab enda poolt varem suletud andmeid soovi korral taas avada.